自端宗从福州远渡南下，福建的抗元斗争逐渐平息，从至元十四年到二十七年（1277—1367年），福建处于元朝统治之下。
在王积翁倒戈投降的情况下，元军兵不血刃得占领了福安府，恢复了福州城的名称，王积翁被任命为福建宣慰副使，另派潜越友为正使，又留下降将李雄的部队镇守福州牵制他们。不久，这些倒戈的汉人为权力开始自相残杀，李雄杀了潜越友，王积翁因情报优势死里逃生，反设计大伤李雄元气，自己“因功”升为宣抚正使、福建路总管兼提刑按察使。最后，王积翁的结局是在出使外国途中为水手所杀。
元朝的政制是以大汗为最高统治者，中央设中书省（政府），地方设行中书省，下设路、府、州、县。元至十五年（1278年）三月，设福建行中书省于泉州，三年后迁回福州，宋时福建一府、三州、二军的建制都改为路。元朝是我国历史上疆域最大的朝代，经济、文化虽都有一定的发展，但在民族压迫剥削之下，尤其是作为南宋抗元根据地的福建遭到重点管控，因此进步较前朝更小，闽中某些地区甚至后退。
元代之前，闽中恰似一世外桃源，从晋、唐到南宋，一直是中原和华北逃难人民的乐土。但到了元朝，重兵压境，反而出现闽中人民大量流亡的局面，各地人口和田亩也随之大减。据古籍记载，宋时福建人口近160万户，元时，只余下70万户，减少了一半以上。耕地面积以福州所属永福（今永泰）和长乐为例，宋代永福有田2828顷，園6693顷；元时有田1594顷，園25顷多，对比田减了1234顷，園减6667顷。长乐县的田从2004顷降至1120顷，少了881顷。
元朝的统治者为了控制他们所政府的偌大疆土，在南方施行分封宗王国戚政策，分封于福州的共计有九个宗王、两个公主及驸马和一个千户，分邑有十九个县，其中在福州路的有三个。即：元仁宗皇庆元年（1312年），赐忽必烈后裔、镇南王脱欢之子安德王不答失里分地福州路宁德县；赐营王忽哥赤（另作先帖木儿）分地福州路福安县。元太定帝初年（1324年），赐宁王（一作平远王）阔阔出之子薛徹秃分地福建路永福县。三个分地的采邑俱为一万三千六百零四户。在分地内由分地主自选得力的蒙古人作达路花赤，独立行使行政权力，路府总管和县尹不得过问。
元朝还施行民族歧视政策。社会地位中以蒙古人居首，色目人次之，汉人第三，南人最低。色目人是元代西夏、西域和欧洲人，汉人即中原遗民和不通鞑靼语的契丹、女真、高丽人；南人即南宋遗民。福州人属于南人，即使在自己的故乡地位也是最低的。据志乘所载，当时福州路的古田、永福、连江、罗源、宁德五县共有“北户”——蒙古人和色目人等五千一百五十八户；南户有八万五千三百九十一户。对于南户，除了苛捐杂税繁重之外还有许多歧视的法令规定，如严禁民间私藏武器，连拳术都不可传学，至元二十一年，福建行省准中书省諮定：“如有学习相扑，或弄枪棒，许诸色目人等首告是实，教师及习学人，并杖七十七下”。杀死一个色目人，罚黄金四十巴里路，而杀死一个汉人，仅需偿给一匹驴的价钱。
元朝灭亡之后，一些色目人和蒙古人继续留居闽中，渐渐与当地人通婚同化，譬如福州望族萨氏家族的祖先。据《雁门萨氏家谱》记载，其家族祖先来源于“答失蛮氏”（答失蛮是伊斯兰教的一派，由伯克答失创立），大约信奉伊斯兰的回纥苗人。其始祖拉布哈，又名思兰不花，转佐蒙古人建立元朝。元世祖忽必烈赐他符节和斧钺。其子阿鲁赤在硕德八刺汗（即英宗）时镇守云代（今山西大同市）。孙萨都刺是元代著名诗人，官至南台侍御使。元泰定皇帝赐其姓萨，改汉名天赐，由此萨氏家族正式立姓。萨都刺之弟萨野芝，汉名天兴，任江西行省建昌郡总管。野芝子仲礼，是元末癸酉年间进士，任福建行中书省检校，全家迁来福州落籍。明朝宣德时礼部侍郎萨琦和近代海军耆宿萨镇冰都是元“色目”人的后裔。正由于信奉伊斯兰教的“北户”众多，福州在元末明初修建了首座清真寺。据明《闽都记》，“清真寺在安泰桥下，俗呼礼拜寺。色目人礼佛诵经于此。国都初建，嘉靖间毁，重建。”现在萨氏家族繁衍至广，中国大陆、台湾和海外都有他们子孙的踪迹，那所清真寺至今保存完好，近年还经历过一场大修缮。
元朝的条件虽对福州发展百般不利，当年交通和海上航运仍值得称道。南宋时，福州在闽江上建有木船浮桥，沟通城内、台江和前仓山之间的交通，但时常为洪水阻断。元大德七年（1303年）于山万寿寺僧法助倡造石桥，命弟子吴道可北上燕都，挽图通玄悟大禅师李某转奏朝廷，得到成宗铁木耳可汗的嘉许。从此，法助四方劝募，不足一年便募得建桥经费数百万贯，其时福建行省都转运监使王茂也予以大力协助。石桥自大德七年开工，中途法助去世，他的弟子、徒孙们秉承师祖遗志继续化募，督促建造，经过将近二十年的努力才最终竣工。全桥长五百七十多米，江中立石墩乘托，酾水二十九道，桥面两旁翼以石栏，栏中石柱都饰以精美的狮子雕刻。这是福建有史以来闽江上最大的一座石桥，也是元代福州最大的建设工程。古代意大利旅行家马可·波罗曾经过福州，深为这座大桥的宏伟和福州的富饶震撼，在游记中记述：“福州有一条大江（即闽江）穿城而过。江面宽一点六公里，两岸簇立着庞大、漂亮的建筑物。在这些建筑物前面停泊大量的船只，满载着商品，特别是糖，因为这里也制造大量食糖。……”
元时，福州的手工艺也有一定的发展，在今南街织缎巷有官营的文绣局，颇具规模。自《元史•成宗纪》有关“大德元年，减福建提举司每年缎三千匹，但要织成文绣”的记载可证实。闽海道知事范椁所著《闽州歌》中记载文绣局的诗句“去年居住匠五千，耗费运藏犹烟云”。至于文绣局官员百般酷虐匠人，在“那更诛求使者急，鞭棰一似鸡羊群”、“官胥掊克常十人，况以鸠敛夺耕耘”等诗中也有反映。
福州人在元朝九十年统治中生活境况异常痛苦。在元朝最后十年间，由于元朝福建统治者的内讧和色目人的反叛，福州再一次遭受兵灾祸乱。元惠帝至正十四年（1354年），福州先是受一场大饥荒的影响，民人相食，苦不堪言。过了四年，至正十八年（1358年），福建行省的最高官员行省平章政事普化帖木儿和廉访佥事般若帖木儿之间势不两立，普化帖木儿为了推翻政敌势力，拉拢勾结了四人：一为被元朝以“贪财玩寇”罪名降级，当时正寓居在兴化路的前江浙行省平章三旦八；二为弃官当道士的前兴化路总管安童；三是占据了泉州的波斯国（今伊朗）亦思法杭人赛甫丁。赛甫丁以色目人身份做了“义兵万户”武官，既拥有武装力量，又控制了泉州的对外贸易。再一人，是赛甫丁的同类阿米里丁，这两个“番客”占据泉州仍不知足，梦想在福建沿海建立一个亦思法杭王国。他们都趁两个蒙古权贵互相倾轧之时发动兵变，动用兴、泉两路势力进攻省城，开始了七年祸乱，殃及闽中富饶的沿海地区，使生灵涂炭民不聊生。当年地方志乘称它为“省宪交兵”。战争的结局是赛甫丁在占据省城福州三年余后被江浙调任而来的新任行省平章燕只不花击败，泉州老巢也于至正二十六年（1366年）四月为行省参政陈友带兵平定。亦思法杭割据的局面宣告终结，元朝在福州的统治也走到了终点。
元至正二十七年（吴王朱元璋元年，1367年），朱元璋于东南一带击败方国珍后即分水陆三道进攻福建。陆上一路由李文忠率领，八月间自浙江入浦城，攻建宁；另一路由胡廷美、何文辉带领，十月间自江西经杉关入闽。水路则是由汤和与廖永忠当帅，由明州（今宁波）走水道直取福州。此时，元朝福建行省平章陈友定适才平定了兴泉的叛乱集团，士气正旺，有恃无恐，在轻敌之下判断吴军大部会自杉关入闽，闽北将是主要战场，遂亲率精锐部队前往延平防御，留下二万兵力由同佥赖正孙、副枢密使谢英辅、院判邓益分别把守福州城。实际上，吴兵一部自海道顺风迅发，征南将军汤和、副将军廖永忠的舟师藉风力数日内即到达闽江口五虎门，紧接着向南台挺进，在南门外击败元平章曲出，一路势如破竹。福州城内元朝参谋袁仁遣人送秘书与汤和请降，同时打开南门引进吴军。而邓益在水部门顽强抵抗，最终被吴军斩杀；赖正孙、谢英辅见大势已去便大开西门，向延平方向逃窜，偌大福州城中元朝势力一扫而空。翌年，明洪武元年（元至正二十八年），全省各州县陆续归附，元将陈友定也于延平城破之际为吴军活捉，押解至金陵（今南京）斩首，福建遂全部归于明朝统治之下。
（本文来源：《福州乡土文化汇编》 作者：王卉）
