1月6日，中共福州市委、市人民政府撤销福州市干部学校，成立福州市行政学院，与市委党校合并办学，实行“两块牌子，一套人马”的体制。主要从事党员和干部的教育培训。

1月20日 中共福州市委、市人民政府决定为城乡人民兴办20件实事。

1月27日，全国移动电话一级汇接局建成，结束福州市长话需经上海中转的历史。

1月29日，福州元洪城一期商城在台江建成开业，总投资7亿元。

1月，考古工作者在福州市冶山路附近发现一个开辟于1000多年前的中国“球场”。经初步考证,这一唐代球场是把唐初的一个大型建筑物夷平夯打后,再铺上数层沙土夯打,最后铺上10～12厘米的红土整平。整个球场厚度大约20多厘米,面积大约相当于现在的2个足球场,可容纳10万人左右。

2月14日，科技部正式批准福州软件园为国家十大软件基地之一。

2月21日，罗源县建成全省最大太平洋牡蛎养殖基地。该基地占地面积1.7万平方米，每年可培育太平洋牡蛎三倍体种苗333.33公顷，是中国南方最大的太平洋牡蛎三倍体育苗生产基地。

2月28日，福州籍著名文学大师、文坛世纪老人冰心在北京逝世，享年99岁。

3月12日，福州市第一次被评为“全国城乡绿化先进城市”。

5月1日，福州三县洲闽江大桥竣工通车。该桥北起工业路，南接上山路。全长4913米。1996年10月8日动工兴建。

5月14日，一例世界上首次报告发现的染色体异常核型在福州解放军总医院发现，为人类进一步研究染色体变异提供有价值的例证。

5月21日，“’99福州寿山石文化博览会”在福州举行，首次展出重5000克、取名“西园雅集”的特大田黄石。

5月  福州市琯头、龙田、空港3个工业区经省政府考核获准升格为省级投资区。

6月5日，福州市区全面停止使用、生产、经销非降解塑料袋。

7月18日，北京大学－清华大学首次赛艇对抗赛在琅岐岛举行。清华大学获胜。

8月9日，由福州闽剧院红旗剧团创作的闽剧《画龙记》，被文化部选调进京参加新中国成立50周年“全国优秀剧目献礼演出”。受到首都戏剧专家、领导和观众的广泛好评，取得圆满成功。该剧曾在福建省第二十一届戏剧会演中，取得了优异成绩，名列优秀剧目奖榜首，还获得剧本一等奖、优秀音乐设计奖、优秀舞美设计奖、优秀演员奖等多项奖。

9月19日，南京军区福州总医院科研人员经过15年探索，在世界上首次克隆出导致中国人遗传性高铁血红蛋白血症的基因，一举攻克该遗传性疾病的诊治难题。其成果获1999年度全军科技进步一等奖。

9月25日，福州市第一条高速公路——福泉高速公路全线贯通。公路北起福州，南接泉州，福州段全长78公里。1995年10月，福泉高速公路福州段首先建设乌龙江特大桥。乌龙江特大桥全长2032米，宽32米，设6车道，是福泉高速公路最长的一座跨江特大桥。

9月26日，福州江滨大道建成通车。福州江滨大道西起西洪路与杨桥路交叉口，沿闽江北岸顺流而下，东接马尾青洲在桥，全长26.2公里。工程于1997年4月正式动工，历时近两年半。道路基本沿闽江防洪堤内侧拓宽至50米（快安段6.5公里按100米拓宽），道路设计机动车4车道（快安段按6车道设计）。

9月29日，长乐的三溪村、琴江村被福建省文化厅授予首批省级历史文化名村。

9月30日，福州市举行盛大焰火晚会，庆祝新中国成立50周年。

10月1日，福州广播电视中心大楼落成，总建筑面积21583平方米，楼高48米，总投资2000万元。

10月28日，福州市首次公开选拔五名副处级领导干部。

11月25日，’99福州“创新与21世纪”科技论坛开幕，全国人大常委会副委员长、中国科协主席、中科院院士周光召，全国政协副主席、中科院院士卢嘉锡，省委书记陈明义出席了开幕式。这是福州市首次举办科技论坛。

11月29日，福州“警坛女侠”丁榕荣获第十届“中国十大杰出青年”。

12月17日，福清、长乐、闽侯、连江县（市）被评为′99福建经济实力“十强”县(市)；连江、罗源、闽清被评为′99福建经济发展十佳县(市)。