为预防疾病，畲族人民家家户户都会自备一些青草药，自用或互相馈赠；畲医为人治病多数使用自采的青草药，或用针灸、抓痧等疗法配合治疗。畲族人民在与疾病作斗争中积累防病治疗的经验，逐步形成了具有民族特色的畲族医药，它与中医药渊源相通。

畲医认为人的生命活动由气、血、筋、脉来维持，心、肝、肺、脾、肾、胆六脏的神来主宰（通常简称“六神”）。“六神”各司其职，指挥人体三十六骨节，七十二筋脉，十二条血路，二十八脉活动。畲医将疾病分为寒、风、气、血症和杂症五大类，每类又根据症状分为72种。人若气血不足、痧气侵蚀，会导致脉络滞阻，并诱发各种痧症的发生。痧症的畲医治疗可以分为针刺、挑针与挑病珠、放血与拔火罐、刮痧、撮痧、淬痧、搓痧。

畲族崇尚六神，认为六神受损就会得六神病。畲医治病往往把时辰连在一起诊断，按照十二时辰与二十四节气的变化，周而复始。六神病需及时采用六神草治疗，根据不同时辰，不同部位，不同症状，辨证施治方为有效。

畲族药材主要以植物为主，随采随用，讲究新鲜。畲族开发了利用了数百种植物药源，还采取了对野生药进行栽培训化、兴办药场、房前屋后或庭院内栽种等措施。

2008年6月7日，畲族医药(六神经络骨通药制作工艺)列入第二批国家级非物质文化遗产名录。