1959年12月26日至1960年1月5日，省文管会林钊等人对昙石山文化遗址进行第二次发掘。挖探沟1条、探方3个。

发掘时，发现文化层堆积物厚薄不一，薄者1.5米，厚者3.1米。堆积成倾斜状，山顶薄而坡底厚，这和原来坡面山形相适应。文化层有两层：第一层黄灰色土，覆盖在蛤蜊层之上，厚0.3—1.3米。出土遗物有瓷片、近代砖瓦、铁钉、石器、泥质和砂质印纹陶和少量彩陶和磨光陶；第二层为蛤蜊层，厚0.6—1.8米，出土遗物有石器、骨器和陶片等。堆积层近底部处砂陶和磨光陶渐多，印纹硬陶较少。蛤蜊层的下端还压着一个灰坑，出土物都是橙色砂陶及灰、黑色磨光陶。生土黄色，质较细密。灰坑不规则，坑口距地表1.8米，坑口长2.2米，宽1.5米，坑深1.2米。坑内为堆积层，第一层为黄花土，下面压着一层薄薄的草绿色灰土；再下为黄花土及一层厚约6厘米的蛤蜊壳层。