位于市区东南部，地处闽江下游北岸，与长乐市营前镇隔江相望，背依古岭山脉，西北接晋安区的鼓山镇，马尾码头距入海口26.6公里，距福州城区19.6公里，距福州长乐国际机场60公里。104国道、福马公路、江滨大道贯穿境内。

　　元明时期，马尾地区为闽县晋安东乡和安仁乡。海曲里、海畔里合为嘉登海曲里。明万历八年(1508年)，改嘉登海曲里为嘉登里(今琅岐)，改合浦北里为江右里(今亭江)，改合浦南里为江左里(今闽安)。安仁乡永盛北里改为永北里(今马尾)。
　　清末，闽县撤乡建区，共分为11区，今马尾地区分别属于琯江区、马江区、嘉屿区。
　　
　　

　　民国23年(1934年)，闽侯县划分为12区，马尾地区属闽侯县三区和四区。
　　三区有快安、朏旺、马江、青洲、君竹、上德、下德；
　　四区有亭头、象洋、西边、闽安、东岐、海屿、吴庄、嘉登、凤窝、赤砂、后垄。
　　民国34年，马尾地区属林森县，区内辖2镇1乡，镇乡以下设保，保以下设甲，共有34保，412甲。
　　2镇：马江镇、闽亭镇；1乡：嘉登乡(今琅岐)。
　　马江镇设11保：新街保、旧道保、中岐保、罗青保、君竹保、双岐保、双德保、快东保、快西保、快宅保、朏头保，下设117个甲。
　　闽亭镇设11保：邢江保、牛眉保、西洪保、东前保、亭头保、亭东保、象洋保、长柄保、英屿保、东岐保、长安保，下设160个甲。
　　嘉登乡设12保：文中保、鳌旗保、仓楼保、透上保、锦田保、乐村保、吴庄保、海屿保、云龙保、金砂保、凤台保、后翥保，下设175个甲。
　　中华人民共和国成立后，1950年，境内开始民主建政，废除保甲制，建立乡镇政权。4月22日，第二区划设1镇6个乡，第三区划设2镇8乡。
　　
　　

　　1960年1月，马尾人民公社划归福州郊区行政办事处管辖，3月成立马尾区人民委员会。1963年6月，马尾、亭江、琅岐均改设区公所，行政区划归郊区行政办事处。马尾区公所下辖马尾镇人民公社、罗星塔人民公社、快安人民公社；亭江区公所辖亭江镇人民公社、象洋人民公社、闽安人民公社、白眉人民公社、东岐人民公社；琅岐区公所辖上岐人民公社、吴庄人民公社、海屿人民公社、三平人民公社、衙前人民公社、云龙人民公社、金砂人民社、龙台人民公社、凤窝人民公社、下岐人民公社。
　　1970年2月，福州市郊区机构被撤销。马尾人民公社、亭江人民公社与渔业公社组成马江公社革委会，直隶福州市革委会，琅岐人民公社划入连江县，5月1日，马江公社革委会改制为马江区革委会。
　　1982年8月26日，成立马尾区人民政府，下辖马尾人民公社、马尾街道办事处。
　　马尾人民公社辖11个生产大队，即：快安大队、上德大队、下德大队、朏头大队、青洲大队、君竹大队、上岐大队、秋峰大队、元丰大队、彭珠大队、深溪大队。
　　马尾街道办事处划为5个生产大队和7个居委会，即：罗星、罗建、新马、中洲、六江等大队和前街、后街、进步里、马限、江山、船政、沿山等居委会。
　　1993年，设在马尾区境内的福州经济技术开发区同马尾区实行“两区合一”的管理体制，从而形成了全国惟一集国家级开发区、台商投资区、科技园区和保税区于一体的对外开放区域。1996年1月1日起，福州市调整市划区行政规划：马尾区辖马尾街道和马尾、亭江、琅岐3个镇，面积274平方公里，人口13.68万人。1997年，全区设1个街道办事处，3个镇人民政府，18个居委会，57个村委会，649个村民小组。其中：罗星街道办事处辖沿山、马限、济安、福星、闽渔、君岐、培英、建星、凤洋9个居委会和上岐、罗建、罗星、青洲、君竹、双峰6个村委会；马尾镇辖江山、前街、后街、船政、进步里、联安6个居委会和六江、中洲、上德、下德、朏头、新马、儒江、快安8个村委会；亭江镇辖亭头、闽安2个居委会和亭头、闽安、东盛、康坂、前洋、白眉、西边、洪塘、东街、盛美、象洋、鳌溪、笏山、长柄、英屿、东岐、长安等17个村委会；琅岐镇辖闽琅1个居委会和云龙、龙台、光辉、农旗、星辉、勤耕、海屿、群星、红星、红光、董安、南兜、后水、院前、光明、吴庄、劳团、东红、建光、荣光、凤窝、星光、争丰、劳丰、乐村、劳光26个村委会。
　　
　　

　　2000年7月，福州市调整市辖区行政区划设立琅岐经济区后，马尾区辖马尾镇、亭江镇和罗星街道，共有18个居委会和32个村委会，面积182平方公里，人口8.3万人。区政府驻地在君竹路。