位于闽侯县南部，旗山东麓，大樟溪西畔，东隔大樟溪与南通镇相望，东北与福州市南台岛相对，西南与永泰县葛岭塘前乡接壤，北连上街乡，面积170.5平方公里。下辖南屿、南旗、龙泉、九都、桐南、窗厦、芝田、茂田、新联、五都、玉田、元峰、高岐、葛岐、中溪、尧沙、江口、柳浪、六十份、后山、流州、晓岐、南井、南前等23个行政村、1个居民委员会，计有16205户，5.6万人。镇政府驻地南旗村。
　　因锦溪横贯境内，南畔为南屿，北岸为北屿(亦称水西)。宋时分属侯官县修仁乡海平里、灵凤里、绥平里、迁蝗里，五芝乡闽光里、三秀里、清政里、吉壤里，西孝悌乡惠化里、扬名里。元明属三都、四都、五都、六都、七都、九都、十二都。清属三都、四都、五都、六都、七都、九都、十一都。清末为南屿区。民国29年分为镜尧乡、窗龙乡、两屿镇、芝峰乡、浦口乡，均属第三区。民国34年为南屿乡，民国37年为南屿镇属南屿区。1949年9月为第五区，1956年属南屿区，1958年5月为南屿镇，9月改称南屿人民公社。1962年10月恢复区建制，1964年9月撤区并社，仍为南屿人民公社。1984年7月撤销公社，设立南屿镇，至2000年不变。
　　环城路，龙好路为镇境主要道路。316～324国道连接线穿镇而过。
　　1999～2000年，南屿镇紧紧围绕经济建设这个中心，突出招商引资工作，扎实推进农科教示范区和商贸旺镇建设，深化乡镇企业改革，大力创办新企业，加快发展第三产业，相继启动六个经济增长点，即大樟溪沿岸休闲度假和农业综合开发、江口纺织工业优化升级、三南地区商贸旺镇建设、三田线优质果树和菜蓝子建设、高岐至后山国道沿线工业开发、旗山旅游开发，促进了国民经济和社会各项事业持续、稳定、健康发展。2000年末，拥有多种成份并存的乡镇企业700多家；建成“六个万四个千”基地，即万亩六月麻、万亩名优果树、万亩杂交稻、万亩湿地松林、万担鱼、万头猪和千亩龙眼、千亩吨粮田、千亩淡水养殖基地、千亩蔬菜基地。完成国内生产总值4.15亿元，乡镇企业总值12.5亿元。南屿地势南高北低，境内旗山闻名于世，与福州鼓山并称“左旗右鼓、全闽二绝”，有唐代的梅云桥、千年石松寺、宋代碗窑山遗址、明代福屿寺、林春泽故居等。
　　附：南屿、北屿地名由来
　　南　屿　南屿古属侯官县。《榕城考古略》有“环山而居者曰南北屿”的记载，这山指的是旗山。又述“渡合山桥，有炉峰石屹立于阛阓间者，曰南屿。民居鳞次，廛市为西南诸乡冠。江水贯穿于南北屿间者，曰蚬江，地多产蚬，故又名小山曰蚬山。江有沶沫鱼、独脚蛏、胜比江东鲈蟹。山谷酿酒最擅名，曰红老。又产香丝笋、仙爪姜、紫香薯等。”南屿的物产别具风味，还有柑橘、六月麻笋、酸枣糕等，街市繁荣，古来已为商镇。“紫姜绿竹供租税，赤蚬银鱼代稻梁”(黄镐)、“莳圃远携斤斧去，灌田多背桔槔行”(罗恭)，“山当曲坞蔽千竹，路入半林生一峰(徐GFAAF)，“桕树千丛多傍水，梅花到处结为村”。(王维褒)这些历代诗咏，描绘了南屿的田园风貌和特产驰名的村况，久传不衰。
　　北　屿　北屿在锦溪之北，与南屿相连。《榕城考古略》记有“环山而居者曰南北屿”句，说明村庄环绕旗山南麓而定居。又释：“北屿一名水西，明林春泽太守宅在焉。宅后有八景，极林居之胜。郑善夫书‘旗山第一峰’大字，刻于石。又有‘人瑞峰’三字，亦少谷书。”
　　北屿又称水西村，今称南屿镇南旗村，古为侯官县北屿，是明代太守林春泽(1480～1583年)的故里，全村姓林，俗称水西林。林宅先后连建8座，环山绕水，占地面积4200平方米，宅的建筑布局和结构一式，并列成排，成为水西林的名称来由。因林春泽寿愈百岁，历经成化、弘治、正德、嘉靖、隆庆、万历六代，赐建“人瑞坊”和“六朝大老”坊，额匾“父子孙孙世进士”，鼎盛一时。水西林宅群作为明代南方宅第建筑艺术实证，驰名八闽，1989年3月列为县级文物保护单位。
　　据说，林春泽告老返乡之后，热心在宅后亭山种植树木，既防水土流失，又能绿化村丘，他亲植杜松千株，形成绿林葱茏、鹰鹭群飞的景观，因此，即使他辞世之后，也享誉远近。所谓“北屿水西林，天下无处寻”，不仅赞许村间人瑞才杰，也赞美山清水秀，环境独佳的风韵。