位于闽侯县东南部、乌龙江南岸，东邻祥谦镇，西隔大樟溪与南屿镇相望，南接永泰县、福清市，北临乌龙江，与仓山区盖山镇一水相隔，面积112.2平方公里。下辖南通、银安、洲头、上洲、泽苗、陈厝、罗洲、瓜山、建南、古城、文山、马腾、新岐、方庄、廷宅、泽洋、桥街等17个行政村，计有14885户，44421人。镇政府驻南通村。

　　南通镇宋时分别为侯官县五芝乡的新兴里和怀安县积德乡的恭顺、胜平、高阳、孝廉、待宾里。元、明分属侯官五芝乡的八都，怀安积德乡的十一都、十二都。清属侯官县五芝乡的八都和积德乡的四十七都。清末属仙坂区。民国29年分为文泽乡、南灵镇、瀛芹乡，均属第三区，民国34年为南港镇，民国37年属南屿区。民国38年9月属第五区，1951年单独成立第十二区，1956年属南屿区，1958年5月撤区改乡为南通乡，9月成立南通人民公社，1962年10月恢复区建制，1964年9月再撤区并社，仍为南通公社。1984年再改为乡，1992年8月改为镇建制。
　　316～324国道连接线穿境内而过。主要道路有前街、后街两条。福州市海帆电子、嘉诚鞋服、三芳电子、利俞实业、龙华商行、联福家具城等落户境内。
　　境内“十八重溪”奇峰秀水，景观独特，有“知音瀑布”等景点百余处，为省级风景名胜区。