1963年9月10—26日，省文管会和厦门大学考古实习队7人、工作人员4人对昙石山文化遗址进行第五次发掘。在遗址东南部开4×2.5米探方1个，文化层厚2.1米，共出土陶片2558片，橙黄陶占39％，几何印纹灰陶占23.5％，磨光陶占16.2％，夹砂粗陶占20.39％，彩陶占0.5％，其它占0.1％。这次发掘新发现一座完整的墓葬，墓长2.6米、宽0.76米、深2.11米。出土陶器随葬品有碗、釜各2件，豆、盘各1件。遗址地层中出土的还有骨器针、镞、锥、凿、管、环等。

一、出土文物

挖掘的探方是在山丘的斜坡上，由西北向东南倾斜。地层堆积物有3层，总厚2.1米。

第一层为扰乱层，最厚，有0.8—1.25米，褐灰色，土质坚硬。出土的遗物有石器、陶片以及宋明以来的瓷片、瓦片、砖块等。在本层接近底部还发现北宋“至和元宝”铜币1枚。这可证明，这层至少在宋代以后就被扰乱过。

第二层为蛤蜊壳堆积物，仅掺杂少量泥土，亦甚坚硬，厚0.35—0.7米。石器有磨制石刀和石镞两件，陶器有磨光陶、粗砂陶、硬陶和二片彩陶。磨光陶有黑、灰、红、橙黄等色，均为轮制，内外光滑，火候高于粗砂陶而低于硬陶，器形有镂孔高足盘、豆、碗等。粗砂陶有黑、灰二色，其表皮多施一层红色陶衣，含大量砂粒，质疏松。从完整器物得知，这类陶片皆为釜类器，口沿轮制，腹部手制，口沿无纹饰，腹部饰绳纹或篮纹，有的还在腹部中间加一道附加堆纹。硬陶有橙黄、灰两色。橙黄色的火候一般略低于灰色，表皮印绳纹、篮纹、方格纹、斜方或长方格纹、条纹、曲折纹、麻点纹、叶脉纹等，有的还施加一层褐色或绛色陶衣。这类陶片未见完整器形，仅得一件橙黄色可复原的直口圆底钵。此外，还有纺轮、网坠、陶拍、器耳等，其中有一件橙黄色的纺轮，较为特殊，剖面呈梯形，底面刻有辐射纺饰。骨器都是利用天然兽骨加以简单磨制，精磨者很少，有针、镞、锥、凿、管、环等，骨针与广东潮安陈桥村贝丘遗址所出土的文物很相似，也是利用鱼骨制成。自然遗物以贝类为主，还有麻龟、兽骨若干，尚未鉴定。

第三层为黄灰土，含很多砂粒，厚0.2—0.35米。遗物稀少，仅有一些碎小的粗砂陶片，和第二层相同。

出陶片133片，有绳纹或绛红色衣硬陶、磨光陶和粗砂陶，其中粗砂陶占70％强。这些陶片与第二层所出土的文物相同，也与墓葬中的随葬品的陶质相同，随葬品中不见硬陶。

人骨架除头盖骨略被压破外，其余基本完好。头向230℃，面向北，人骨架全长1.7米。头骨及四肢骨均较粗大，牙齿三十二枚(仅脱落二枚)，先后经福建医学院解剖系主任邹宁生副教授和中国科学院古脊椎动物与古人类研究所吴汝康教授鉴定，属于壮年男性，40岁以上。墓中不见任何葬具，人骨架伸直仰臥在黄生土上，墓底无任何遗物铺垫。

全坑共出陶片2558片，橙黄陶占39％，几何印纹灰硬陶占23.5%，磨光陶占16.2％，夹砂粗陶占20.3％，彩陶占0.5％，其它占0.1％。这些陶片和以往几次发掘的相同。小件器物共出35件，除特殊外，其它大体和以往发掘所出相同。

随葬品均为陶容器，放置在人骨左侧，排成一列，共7件，2件完整，余均破碎。

二、墓葬

探方发掘到将近生土时，在东南部边沿处发现墓葬1座。人骨架与随葬品均相当完整。墓距地表深度为2.11米，似为打破第二层而深入第三层。墓坑似为浅穴式，墓边沿并不十分清楚，长2.6米、宽0.76米。填土为蛤蜊壳和灰土，较疏松，已修复。

三、观察研究

出土遗物，增加骨针、骨管、骨锥、骨凿等，都是过去几次没有发现过的。墓葬中出土一套比较完整的器物。

新石器时代墓葬，本省发现很少，昙石山以往发现过两座，只有一座比较完整，是属于女性的。随葬品的器形和放置的位置，也和第五次发掘不同。