第六次发掘从1964年9月11日至1965年8月5日，历时近一年。发掘工作由福建省博物馆曾凡主持，厦门大学历史系5人配合。

发掘地点是在前五次发掘处的南部边缘地带。由于地势倾斜、地面坑洼不平等原因，开探方（沟）大小不一。根据遗迹表露的现象，分三个发掘点：

第一发掘点在南部，开7个探方，发掘面积200平方米。

第二发掘点在第一发掘点的东北边，开10个探方，发掘面积250平方米。

第三发掘点在第一发掘点北边，开3个探方和1条探沟，发掘面积63平方米。

3个发掘点共发掘面积513平方米，其中第二发掘点的117、118两个探方，因文化层全遭破坏，未发掘。第三地点最高，第一地点最低。最低处约在现存地面（以探方132为准）以下7米左右。

第六次发掘，发现的遗迹有灰坑59个，火塘6个，烧坑和穴址各1处，墓葬32座。基本弄清文化堆积叠压关系。

一、地层堆积

3个发掘点，在未发掘前都已遭到不同程度的自然破坏，一般在表土或扰乱土的下面就是上层文化堆积物。上层堆积物距地表层约0.5—0.9米，一般厚度在0.5米左右。为坚硬的灰土和黄灰土，含少量的烧土和炭屑，保存面积极小。在探方116南端，发现灰坑1个，直径1.8米，深0.6米，坑内皆是蛤蜊壳，伴出大型容器的橙黄陶破片甚多。本层出土不少石器、骨器、陶纺轮、陶网坠、残陶器等，陶片以硬陶为主。中层保存较好，普遍存在于遗址的各个部分。这层为蛤蜊壳堆积物，厚约1米左右，最厚处达1.5米。出土遗物较丰富，有石器、陶器、骨器、蚌器等，其中石钺和石镰为上层所未见。陶片以粗砂灰绳纹和灰磨光陶为最多。保存下来的遗迹也较多，有火塘、烧坑、红烧土层等。还发现灰坑41个，墓葬17座。还有两条很清楚的墙壁，残高约0.15米，残长约6米，宽2.5米，很可能是一个半穴式的居址。下层是坚硬的黄褐色沙土，有的偶而含少许腐烂的蛤蜊壳，有的仅存痕迹。

这层分布很不均匀，有的地方无此堆积层，文化遗物稀少，堆积层也较薄，一般厚约0.2—0.4米。出土遗物有石锛、石镞、石环、陶纺轮、陶网坠、陶碗、骨锥、蚌刀等，陶片以细砂红陶为最多。在此层内发现灰坑2个，墓葬15座。

下层和中层的32座墓葬，层位较清楚，且有相互打破和叠压的关系。

这3个发掘点都是坡状堆积，中层出土物最多，和过去的几次发掘基本相同。过去把一、二两层划为扰乱层，三、四两层为文化堆积层，且为一次堆积的。为区别堆积的先后，这次把它分为上、中、下三层，上层相当于过去的一、二层；中层相当于三层；下层相当于四层。上层是未经扰乱的。这三层的文化堆积物，有些区别，不是一个短期形成的，而是经过较长时间持续发展形成起来的一种文化堆积物。

二、坑、窑等遗迹

第六次发掘，发现比较重要的坑、窑等遗迹有：

（一）灰坑（59个）

除遗坑第50、53号在下层外，其余皆在中层。其分布情况很不规则，或疏或密，或高或低，无一规律，尤以第一地点最为密集，有的并与墓葬相互打破或叠压。灰坑形制分圆形和椭圆形两种，大小深浅不一：有直壁和斜壁；有平底和圆底。最大口径0.6米，最小口径0.25米；最深0.65米，最浅0.1米。一般坑壁都很整齐，第12、26号最为规整，其中有5个灰坑的坑壁有明显烧痕。坑内有的全是蛤蜊壳堆积，有的杂有陶片、灰烬、炭屑、兽牙等物。

（二）火塘（2个）

塘内堆积蛤蜊壳，为圆形圆底，遗坑第23号保存较好。遗坑直径2.1米，深0.8米。塘内亦有堆积蛤蜊壳，杂有陶片、炭屑、残骨、烧骨、烧土和芦苇的灰烬，并伴出陶纺轮和蚌器等。

（三）连通烧坑（1处）

位于121中层，探方略呈圆形，周壁有一层厚约0.3厘米的烧面，两坑之间有一通道。坑内有蛤蜊壳，底部有很多炭屑和灰烬，杂有陶片、鱼骨、兽骨等，并伴出残陶纺轮1件。

（四）穴址（1处）

略呈椭圆形，长3米，宽1.8米，深0.8米。穴内东北角有1个小土台，呈三角形，长1米、宽0.2—0.6米、高0.4米。南面有1条不很规整的通道，长约1.25米，宽0.8—1米，残高0.5—0.7米。北部下面压着一座墓葬。穴内堆积蛤蜊壳，杂有大量的木炭、灰烬、烧土、陶片和大块石头等，还有石锛、石镰、石镞、骨镞、陶纺轮以及鹿角、鳖甲、兽骨等。

（五）残窑（2处）

位于中层，有很坚硬的烧壁，内呈紫红色，外呈青蓝色，厚约2厘米。窑1周壁保存较好，窑室呈圆形，两头呈喇叭形，残高0.16米，直径0.8米。窑室的两侧有两条小沟，可通入室内，每条之间距离3—5厘米，每条沟宽2米，深0.5厘米。室内底部前低后高，呈40度斜坡，凹凸不平，为很坚硬的烧面，和壁相同。其前有一条喇叭形的火道，呈拱形，长约0.7米，宽约0.6米。窑3则破坏严重，残存窑室尚清楚，残高约0.55米，直径约1.1米。

（六）烧土面（在中层）

呈坡状，因遭破坏，全形不明。这层烧土面分布在探方114、118、119中，残存面积约170平方米。上面分布着一些不整齐的灰坑，还有成堆的陶釜破片。有的烧土面厚达0.2米；有的下面压着一层很厚的蛤蜊壳，厚约0.35—0.5米；有的还压着墓葬等。

三、墓葬

第六次发掘，共发现墓葬32座，除上层未发现外，下层的有15座，中层的有17座。

下层15座墓中，除第12座墓和第25座墓无圹穴外，其余皆有深浅不等的墓穴；除个别外，穴壁都很整齐，有的还留有用小石锛之类的工具修整过的痕迹，未发现葬具。墓葬为单人葬，深埋在生黄土中，距地表最深者达2.6米。填土内一般未掺杂蛤蜊壳。埋葬无一定规则，死者头向以北偏东者居多，葬式多为仰身，侧身仅见墓111座。这15座墓中，有随葬品者8座，其中随葬品最多的有11件，最少的1件。

第11座墓口，在下层的底部，长方形，口大2.5米，宽0.9米，深1.1米。填土上部为褐色五花土，并夹有陶片，与下层中所出文物相同；下部为黄灰沙土，骨架1具，鉴定为女性，年龄60岁以上。头向东南，侧身直肢，随葬陶纺轮1件，放在两足蹠骨之间。

第32座墓已被现代扰乱层破坏。墓穴长约2.8米，宽1.04米，深0.35米。方向230度。填土灰褐色，很坚硬，伴出物有牛齿、碎骨、陶片，还有腐朽的蛤蜊壳的痕迹，骨架1具，经鉴定为成年女性。头向西南，仰卧直肢。骨架腐朽过甚，一触即毁。随葬品11件，分别放于头顶、头左侧和足底。

中层17座墓中，小孩为浅穴，成人为深穴，穴壁很规整，墓口均位于中层，墓底大多数于黄土之中。填土褐灰色，内含大量蛤蜊壳。埋葬无一定规律，较零乱。死者头向以南偏西者居多，均为单人仰身葬。其中第26座墓，骨架很零乱，疑为二次葬。这17座墓中，有随葬品者11座，其中随葬品最多者有16件，最少者2件，主要是日常生活用具，生产工具极少。随葬品的放置情况，依据多少而不同。一般是碗、杯、壶放在头部；随葬品成行排列者，豆在中间釜在最后，有的放在足部。随葬品在5件以上的，其中必有陶釜，有的多至4件。杯、豆、壶也是常见的。

第4座墓圹穴为长方形，除西壁保存完整外，其余三面均被破坏。长3.3米，宽2米，深1.2米，方向190度。填土上部主要是蛤蜊壳，伴出陶片很多；下半部主要是黄土，蛤蜊壳渐次稀疏，伴出陶片262片，蚌刀2件，残石器1件。这些遗物，与中层所出相同。骨架1具，系中年女性，年龄40—45岁。头向南，仰卧直肢，保存完整。随葬品16件，分别放于头顶、髋骨、足下及右侧。右侧的随葬品放在一个小方坑内。这座墓圹穴较大，随葬品也最多，其中有1件绳纹灰硬陶罐，为它墓所无。死者头顶和足部，又各有一堆很细腻的灰土。

第6座墓圹穴前窄后宽呈梯形，后部被破坏。残长1.7米，宽0.8—1米，深约0.3米。方向220度。填土为灰褐色，很坚硬，夹杂大量蛤蜊壳，伴有陶片。骨架为一小孩，年龄8岁左右。头向西南，仰卧，下肢向内弯曲。骨架零乱。随葬品9件，放于死者的左侧，从头排至足部。随葬品的数量较其它小孩墓多，质量也相当精美。其中在陶豆内有碎骨2块和几粒带血红色的蛤蜊壳。

第9座墓圹穴为前宽后窄，长2.9米，宽0.86—1.16米，深0.9米。墓底两侧留有二层土台，分别高0.15米和0.2米、宽0.06米和0.14米，不甚规整。方向225度。填土为灰褐土和黄土，夹杂大量蛤蜊壳，伴出陶片144片，残石镞、残陶纺轮各1件，还有鱼骨、兽骨等。骨架较完整，为一老年男性，年龄60岁左右。头向西南，仰卧直肢。随葬品6件，放于头部和足端。

第24座墓圹穴为长方形，长2.1米，宽1米、深0.8米。方向220度。填土前半部灰褐土，夹杂大量蛤蜊壳，土质湿润松软；后半部为坚硬的黄褐土。伴出陶片55片，蚌器2件，野猪牙1枚，兽骨1块。所出遗物，与中层相同。骨架完好，为一中年女性，年龄40—50岁。头向西南，仰卧直肢。随葬品7件，均放在死者左侧，从头至足排成一行。

两层墓葬其共同点，都是单人葬。随葬品都是死者生前的生活用器，一般有陶釜。随葬品组合无一定规律，两层墓葬不同点有：

1、下层墓深穴较多，填土多为坚硬的五花土，不见或少见蛤蜊壳，有留痕迹；中层深穴较少，填土中有大量的蛤蜊壳。

2、下层墓的方向以北偏东居多，中层墓的方向以南偏西居多。

3、中层墓随葬品较多，陶器质量也较精致，还出现硬陶器，彩绘技术也较进步，颜色无剥落现象。中层墓除个别外，都有随葬品，最少2件。下层墓随葬品较少，最多的只有3件。

4、下层墓的随葬品，大多放在死者头顶或足部，中层墓除继承上层的遗俗外，还有整齐排列成行的。

四、自然遗物

第六次发掘中，文化层和遗迹都发现兽骨和鱼贝类。文化层中的兽骨以上层为多，中层次之，下层最少。经中国科学院古脊动物与古人类研究所祁国琴鉴定分析，有狗、棕熊、虎、印度象、猪、梅花鹿、水鹿、牛等。昙石山贝壳过去曾作过鉴定，有蚬、魁蛤、牡蛎、小耳螺。第六次鉴定，还发现属于鱼类的脊椎1枚，鳍条3根，胸鳍刺4根，属于爬行类的鳖科背甲和腹甲。

第六次发掘面积小，但出土的遗迹物都超过以往几次发掘。在地层的关系方面，下、中、上三层的遗物有区别，下层以细砂陶为主，占30.17%；中层以粗砂绳纹灰陶为主，占41.82%；上层以几何印纹硬陶为主，占52.63%。器形方面，也有一部分存在明显差异，下层和中层（包括墓葬）的陶釜全系粗砂陶制作，多数是宽沿圆圜底式。上层出土的部分为硬陶器（如陶盆）。上层陶豆的圈足，从盘底向下显著收缩，而后又向外撇呈喇叭形。陶簋在下层中仅见到1件。陶壶和陶罐等，在三层中也不尽相同，各有特色。中层的泥质灰硬陶罐和上层中的泥质灰硬陶罐在质地、形式和制作方面，都很相似，但圜底已变为凹底。在颜色方面，下、中层用红彩，上层则多为黑彩。三层中所有出土的陶器和石器，在质料、形式和制作技术等方面，基本特征一致。

遗址的堆积层的形成，主要是贝壳的堆积，有的厚达3米多。遗址中发现猪、狗、牛、熊、象、斑鹿等动物骨骼，数量不多。此外，还发现用于农业的生产工具，如石锛、石镰等。

五、自然遗物鉴定

遗址出土的自然遗物，经鉴定分析，兽骨可分家畜（狗、猪）和野生动物（虎、熊、象、鹿）两类。野生动物具有明显的南方型和森林型的特点。发现象的左侧尺骨上端1根。

第六次发掘，初步弄清地层关系。在年代方面，这次选用中层里的两个（长牡蛎）标本，经放射性碳素测定年代，一个距今3090年（公元前1140年）；另一个距今3005年（公元前1055年）。第六次发掘，就中国境内已经发现的新石器文化，还没有一处和昙石山文化遗址雷同的。它是一种具有浓厚地方性的文化遗存，或可命名为“昙石山文化”，以示和其它文化类型的区别。