昙石山文化遗址八次考古发掘中，只有第一次和第六次考古发掘对贝壳和动物骨骼进行鉴定。第一次考古发掘后采选的42件贝壳经南京大学地质学院陈旭教授鉴定，有蚬、魁蛤、牡蛎、小耳螺。

第六次考古发掘的兽骨，经中国科学院古脊椎动物与古人类研究所祁国琴鉴定分析，有狗、棕熊、虎、印度象、猪、梅花鹿、水鹿、牛等。还发现有属于鱼类的脊椎1枚，鳍条3根，胸鳍刺4根，属于爬行类的鳖科背甲和腹甲。