1954年1月，昙石山文化遗址被发现后，其中下层遗存被考古界定名为“昙石山文化”。昙石山文化是长江以南最早被命名的考古文化，被选入历史教科书和国家博物馆展览。长江以南的浙江良渚文化是1959年命名的；湖北屈家岭文化是1955年发掘，1959年命名；江浙一带的马家滨文化1957年发掘，20世纪70年代后命名；浙江河姆渡文化是70年代发掘和命名的；台湾大岔坑文化是1954年台湾大学发掘并命名的。惟昙石山文化是长江以南最早命名的考古文化。同时论定：昙石山遗址是典型的海洋贝丘文化，该遗址的贝壳（当地称为蛤蜊壳）堆积厚1米多，最厚的达3米多。贝壳的主要种类为海蚬、魁蛤、牡蛎、小耳螺、龟、鳖等。该遗址出土的贝刀、贝铲均是用长牡蛎壳加工而成，中间有2-4个小圆孔，这是海洋贝丘文化特有的原始农业生产工具。该遗址出土的凹石与北方内陆的坜石相似，但凹石是海洋贝丘文化中专门用来砍砸海产品的工具，在台湾和南太平洋海洋贝丘文化中有大量发现。

昙石山遗址主要是昙石山人的墓地。按照墓葬早期叠压和随葬的器物所反映的考古文化。昙石山文化墓葬随葬陶器的组合是：釜、壶、簋、豆、杯、碗。而上层商周黄土仑文化的陶器组合是：罐、杯、豆。也就是说4000—5000年前的昙石山部落以釜为炊器，而以罐为炊器的另一部落于3000多年前来到昙石山。整个墓地上下延续了2000多年。

昙石山文化，包括闽侯县昙石山遗址中下层、闽侯庄边山下层、闽侯白沙镇头下层、福清东张下层等遗址。20世纪90年代以后在闽西北的清流、光泽、将乐；闽东的霞浦，闽南的诏安等地均有发现古遗址。昙石山文化以磨制石器为主，其中以上端凸起、横剖面呈等腰三角形的石锛，最为典型；骨器精磨，镂孔贝刀和贝铲为该文化显著特征之一；陶器纹饰以绳纹居多，出现镂孔和彩绘，器形有鼎、台、釜、碗、杯、高领罐、豆等。这些特征不同于壳丘头文化，而与湖北屈家岭文化、江西山背文化、山东大汶口文化等相似。据此，张光直将昙石山文化归入“龙山形成期文化”。但他将昙石山文化看成大陆的“汉藏语族文化”，将壳丘头文化看成东南沿海的“南岛语族文化”，并将二者分开，这是不妥的。从考古类型学来看，昙石山文化与壳丘头文化有较大差异，但那只是表明他们所处的发展阶段不同，而文化因素有许多共同点：①石器均以小型石锛为主；骨器相似。②陶器器形相似；二者都是盛行圜底器和圈足器；炊器都是陶釜；高领罐领部肥厚凸起，上饰压印刻划纹等。③昙石山遗址下层具有典型特征的素面红衣央砂陶和泥质磨光红陶，在壳丘头已有少量发现。