福州盆地属冲积——海积平原。冲积——海积的厚度从盆地西北向东南增厚，最厚处可达60多米，其中全新世海侵以前，有10多米河相沉积；海侵时期内海水两进两退，在沉积物中出现两个旋回组，单是海相沉积的两组厚度即达30米；海退后，上面又有1～3米的河相沉积。那时海侵较深入，福州盆地一些山间地带也受影响，使福州成为半岛地形。此后，随着世界性气候转冷，海侵结束，海面下降，加上闽江及其支流长期输沙沉积，故到汉代，福州海湾沙洲陆续出现，大片沙洲、沼泽地产生；洲土不断向南扩大，突入海中，形成半岛地形。

宋人梁克家称，今福州市内澳桥，无诸时“四面皆江水，此如屋奥”，是“舟楫所赴”之地；又引旧记：晋人严高曾在虎节门(今虎节路口)外开大河，名“大航桥河”，可通舟楫。郭柏苍《葭柎草堂集》也载，汉代海船开到福州，在还珠门外(今贤南路口)停泊。其时东、西二湖未筑，福州尚属海湾之地，无诸建城只能在冶山之上。迄至西晋，严高改筑子城于今屏山南麓，并将福州两个内湾围成东、西二湖；当时子城以大航桥河为南濠。嗣后，城西、城南沙洲扩展，大航桥河通潮受阻，河道淤塞，水域日渐分隔，遂又形成几支新港汊，闽江在此出现分流状态。其中有一港汊流经利涉门外，俗号新河，王审知环筑罗城，即以此河为濠沟。此河至宋重浚，河面开阔，可通大船，于是商港遂由大航桥河两端的澳桥与还珠门外迁移到此河两端的水部门和安泰桥。此时，新河以南尚有一支港汊，流经宁越门外；王审知扩建夹城，又把它作为濠沟。上述两支港汊环绕于今于山和乌石山的南、北麓，二山四面环水，所以道山亭(在今乌石山上)便有“前际海门，回览城市，宜比道家蓬莱山”之称。

此外，在今合沙门外还有一支大港汉，宋初扩建外城时，也被用作濠沟，这一濠沟外更有一支大港汊，由今钓龙台分支而入，东经上、下杭一带，至通仙门外再汇于南台大江，时称北港。那时钓龙台紧临江边，王审知曾在台上设迎宾馆。此江至宋时淤积甚快，先后在今中亭街一带、中洲和小桥附近浮出楞严洲、中洲和另一沙洲。随着沙洲逐渐扩大，宋代把州城再次向南延伸。当时的西湖，因被围占而变小；东湖也因被人占垦而湮灭。

明代，钓龙台之下流沙壅积，旧港“潮小舟胶”，义洲、帮洲与苍霞洲迅速扩大，万寿桥东的鸭姆洲也开始形成。至是港道再次淤塞，商港遂由水部门迁往太保境。