2015年12月28日召开《福州年鉴》2016卷组稿会，会前市政府办公厅向各承编单位下发了组稿工作的通知，要求各单位于2016年2月29日前将稿件报送至《福州年鉴》编辑部。3月开始催稿，在催稿的同时开始稿件的初审。审稿流程坚持五审制，严格把关。9月通过出版社审核，10月交付印刷。

《福州年鉴》2016卷在历年各卷的基础上，结合全市政府机构改革，对栏目进行优化设置。针对2015年的年度大事要闻，新增相关资料。整合“特载”“专文”栏目内容，统一并入“特载”栏目。增设“专题”栏目，集中反映2015年福州市重大事件，收录福州新区、中国（福建）自由贸易试验区福州片区、海上丝绸之路、等4个部分内容；整合“邮政通信与政府信息化建设”“交通”栏目，其中，邮政内容并入“交通”栏目，整合为“交通运输与邮政业”栏目；通信、政府信息化建设内容及“工业”栏目中的电子信息产业内容整合为“信息业”栏目。结合全市政府机构改革，拆分“卫生  体育”栏目，将卫生内容并入“社会民生”栏目，将体育内容并入“文化  体育”栏目。