1994年，福州市辖鼓楼、台江、仓山、马尾、郊区5个区，闽侯、连江、长乐、福清、永泰、闽清、罗源、平潭8县（市）。鼓楼区辖10个街道办事处。台江区辖10个街道办事处。仓山区辖6个街道办事处。马尾区辖1个街道办事处、1个乡。郊区辖16个乡镇。闽侯县辖13个乡（镇）。连江县辖22乡（镇）。长乐市辖18乡（镇）。福清市辖21乡（镇）。永泰县辖21乡（镇）。闽清县辖18乡（镇）。罗源县辖11乡（镇）。平潭县辖15个乡（镇）。1994年2月，长乐县改为长乐市（县级市）。

1995年，全市辖五区（鼓楼、台江、仓山三城区及马尾区、郊区）两市（福清、长乐）六县（闽侯、闽清、永泰、连江、罗源、平潭）。设置96个镇，59个乡，28个街道，2447个行政村，482个居委会。

1996年，市辖区行政区划进行重大调整。郊区更名为晋安区，划出洪山镇归鼓楼区，划出洪山镇的祥坂、长汀、高桥3个村归台江区，划出建新、盖山、仓山、城门、螺洲5个镇归仓山区，划出亭江、琅岐2个镇归马尾区，划入鼓楼区的五四、王庄新村2个街道办事处，并分别更名为茶园、王庄街道办事处，增设象园街道办事处，撤销台江镇，设立岳峰镇，红寮乡更名为寿山乡，划入水部街道办事处的紫阳、紫新、砌池、丝绸厂、福马5个居委会，划入原东门街道办事处的塔头、桂香、康山、琯尾、晋安、浦一、浦二、浦三、浦四9个居委会，划入新港街道办事处的连潘、连辉、象园、邦辉4个居委会；鼓楼区从台江区划入茶亭街道办事处的斗中、西营里、福中、九福庵4个居委会，划出琼河、东西河以南水部街道办事处的龙庭、状元2个居委会归台江区，划出鼓西街道办事处的农大居委会归仓山区，撤销东门街道办事处，设立温泉街道办事处，增设五凤街道办事处；台江区增设宁化、鳌峰2个街道办事处，上海新村街道办事处更名为上海街道办事处；仓山区成立东升街道办事处；马尾区马尾街道办事处更名为罗星街道办事处；闽侯县从荆溪镇划出南山、洽浦、昙石、流洋等4个村归甘蔗镇管辖，从洋里乡划出小箬等8个村，设立小箬乡。

1997年，连江县从敖江镇划出北岳、凤尾2个村，归凤城镇管辖，撤销长龙乡，设立长龙镇，从敖江镇划出江南等15个村，成立江南乡。闽清县撤销金沙乡，设立金沙镇。1999年，福清市撤销南岭乡，设立南岭镇。

2000年，闽侯县闽江乡的闽亭、建亭村划入马尾区亭江镇，公婆、胜利、建星3个村划入马尾区琅岐镇。连江县撤销坑园乡，设立坑园镇。闽清县撤销省璜乡，设立省璜镇。平潭县撤销平原乡、敖东乡，分别设立平原镇、敖东镇。

2003年，仓山区从建新镇析出14个村（居）民委员会设立金山街道。晋安区将鼓山镇魁岐、建坂、双协、快洲、龙门等5个村划入马尾区马尾镇管辖。长乐市撤销吴航镇、航城镇，分别设立吴航街道办事处、航城街道办事处。

2004年，台江区撤销帮洲街道并入苍霞街道，撤销双杭街道并入后洲街道。晋安区撤销岭头乡并入寿山乡，撤销鼓岭乡并入宦溪镇。闽清县撤销后佳和佳头乡，并入上莲乡。永泰县樟洋镇更名为大洋镇。

2005年，福清市撤销音西、阳下、宏路等3个镇和融城街道办事处建制，析出海口镇的祥丰、塘头、北店、柏渡、隆中、坊里、南安、先强等8个村，调整设立玉屏、龙山、龙江、音西、宏路、石竹、阳下等7个街道办事处。长乐市撤销营前镇、漳港镇，分别设立营前、漳港街道办事处。闽侯县撤销闽江乡，并入祥谦镇，甘蔗镇改为街道办事处。2005年末，全市辖五区八县（市），各县（市）区下设43个街道办事处、99个镇、45个乡（含原连江县马祖乡）、2个民族乡、413个社区居委会和20个居委会、2422个村委会。

（来源：《福州市志》）